Dengan dibentuknya Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal (BPJPH) merupakan amanat dari UU No 33 Tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal. BPJPH saat ini telah terbentuk dan masuk dalam struktur Kementerian Agama berdasarkan Peraturan Menteri Agama (PMA) No 42 Tahun 2016 tentang Organisasi Tata Kerja (Ortaker) Kemenag. BPJPH dipimpin oleh seorang Kepala Badan. Struktur BPJPH terdiri atas Sekretariat dan tiga pusat, yaitu: Pusat Registrasi dan Sertifikasi Halal, Pusat Pembinaan dan Pengawasan Jaminan Produk Halal, dan Pusat Kerjasama dan Standardisasi Halal.
Pada Pasal 816 PMA 42/2016 mengatur bahwa BPJPH mempunyai tugas melaksanakan penyelenggaraan jaminan produk halal sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Sedang Pasal 817 menyebutkan, BPJPH menyelenggarakan enam fungsi, yaitu fungsi koordinasi penyusunan kebijakan teknis, fungsi perencanaan dan program di bidang penyelenggaraan jaminan produk halal, fungsi pelaksanaan penyelenggaraan jaminan produk halal pemantauan, fungsi evaluasi dan pelaporan pelaksanaan di bidang penyelenggaraan jaminan produk halal, fungsi pelaksanaan pengawasan penyelenggaraan jaminan produk halal, fungsi pelaksanaan administrasi Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal dan fungsi pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri. Maka penyelenggaraan sertifikasi halal BPJPH akan bekerja sama dengan kementerian dan lembaga-lembaga terkait, salah satunya adalah Lembaga Pemeriksa Halal (LPH) dan pihak yang dapat menjadi LPH adalah pemerintah dan masyarakat. Pemerintah dalam hal ini adalah kementerian atau lembaga, Badan Usaha Milik Negara (BUMN), Badan Usaha Milik Daerah (BUMD), dan perguruan tinggi negeri. Sedangkan masyarakat dalam hal ini lembaga keagamaan Islam berbadan hukum yayasan atau perkumpulan.
Terbitnya Suat Keputusan Rektor UIN Raden Fatah PalembangNomor 1131 Tahun 2017 tentang struktur organisasi kepengurusan LPH dan Lounchingnya LPH UIN Raden Fatah Palembang Pada Tanggal 24 November 2017 menjadi dasar hukum utama terbentuknya Lembaga Pemeriksaaan Halal,Halal Center UIN Raden Fatah Palembang.
Organisasi Lembaga Pemeriksaan Halal UIN Raden Fatah Palembang dipimpin oleh seorang Ketua yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Rektor UIN Raden Fatah Palembang dan Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal (BPJPH) Kementerian Agama Republik Indonesia . Dalam menjalankan tugasnya Kepala Lembaga Pemriksaan Halal dibantu oleh seorang Sekretaris, 4 (empat) Kepala Bidang, 1 (satu) Kepala laboratorium, dan beberapa staff serta analis laboratorium.